Los veranos húmedos y cálidos son la causa de la gran variedad y exuberancia de la flora japonesa.
Se pueden encontrar más de 17.000 especies de plantas con o sin flores, muchas de ellas muy cultivadas y muy populares, como los ciruelos blancos y rojos, los cerezos, azaleas... En especial, los crisantemos, la flor nacional de Japón. Hay pocas flores silvestres.
La variedad de árboles predominante en Japón es la conífera; una especie común es el sugi, o cedro japonés, que puede alcanzar los 46 m de altura. Otras perennifolias notables son el alerce, la pícea y muchas variedades de abetos. En Kyūshū, Shikoku y el sur de Honshū crecen árboles subtropicales como el bambú, el árbol del alcanfor y el árbol de la cera, y se cultiva la planta del té. Los árboles del centro y del norte de Honshū son los típicos de la zona templada, como hayas, sauces, castaños y coníferas; el árbol de la laca y la morera se cultivan extensivamente y el ciprés, el tejo, el boj, el acebo y el mirto son abundantes. En Hokkaidō la vegetación es subártica y similar a la del sur de Siberia; la pícea, el alerce y el abeto meridional son los árboles más comunes, aunque hay ejemplares de alisos, álamos y hayas.
Los japoneses practican un tipo único de jardinería paisajística, en el que reproducen en miniatura los paisajes naturales de forma estilizada.
Los frutales más comunes en Japón son los melocotoneros (durazneros), los perales y los naranjos.
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